公司法人辞职不配合变更，可依法处理。依据《劳动争议调解仲裁法》，应先尝试协商或调解，若不成可申请仲裁，对仲裁不服可诉讼。不及时处理可能导致公司运营受阻，法律责任风险增加。
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处理公司法人辞职不配合变更，常见方式有协商、调解、仲裁和诉讼。应先尝试内部协商或请第三方调解，协商调解无果后申请仲裁，仲裁不服再提起诉讼。
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法人辞职不配合，这样处理：1.尝试与公司法人直接沟通协商，或请工会等第三方介入调解。2.若协商调解无果，向劳动争议调解委员会申请正式调解。3.调解仍不成功，则向劳动争议仲裁委员会提起仲裁申请。4.对仲裁裁决不服时，依法向人民法院提起诉讼解决。