您在考虑修改厂房出租合同时，需明确法律规定。根据最高人民法院关于适用《中华人民共和国合同法》第二百一十二条规定，租赁合同是双方约定的法律文件，一旦签订即对双方产生法律约束力。但根据相关法律精神，如租赁双方协商一致，或遇到租赁当事人死亡、房屋发生重大变更等情况，可以变更租赁合同。因此，在修改合同时，需确保符合这些法定条件，避免违约风险。
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为确保修改后的厂房出租合同合法有效，建议采取以下措施：确保修改内容符合《中华人民共和国合同法》及相关法律规定；双方协商一致，并在修改处签字盖章确认；如有必要，可请专业律师审核合同内容，确保无法律漏洞；修改后的合同应明确双方权利义务，避免产生歧义或纠纷。
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修改厂房出租合同的具体操作因情况而异：若双方协商一致，可直接在合同上修改并签字确认；若租赁当事人死亡，需依据继承法规定，由继承人继续履行合同或协商修改；若房屋发生改建等变更，需评估变更对合同的影响，协商调整租金、租期等条款，并重新签订合同。